Em 1971, com base nas características operacionais das Forças Especiais Fox, Big Boss estabeleceu a unidade Fox Hound. No mesmo ano, Big Boss resgatou Ava em Hanói, no Vietnã.

Zero e Bobcat erradicaram as forças “sábias” nos Estados Unidos e usaram parte do “legado do sábio” para estabelecer a organização “Patriotas” para implementar as ideias do líder. Big Boss foi apresentado aos Patriots sob forte recomendação de Bobcat, e os outros membros incluem Ava, Sigint e Para-Medic. Mas a filosofia do Big Boss e do Zero são cada vez mais diferentes. Em 1972, Zero implementou o projeto "Les Enfants Terribles" para criar um substituto para Big Boss, Solid Snake, Liquid Snake e Solidus Snake. Snakes) são o produto deste plano, em que a mãe das cobras sólidas e das cobras líquidas é Eva . O "Projeto Magic Boy" aprofundou o conflito entre Big Boss e Zero. Big Boss rompeu com os "Patriotas" e estabeleceu os "Militares Sem Fronteiras" (MSF) com base no que ele entendia como "a filosofia do Boss". Após a saída de Big Boss, Zero ficou desconfiado de tudo e não confiava mais nos outros.

Em 1974, a Guerra Fria se acalmou temporariamente devido ao equilíbrio de poder entre os Estados Unidos e a União Soviética. Big Boss e Miller, que lideraram o "Exército Sem Fronteiras" que formaram e estavam estacionados na Colômbia, receberam dois convidados: Ramón Gálvez, que alegou ser professor da Universidade da Paz da Liga das Nações na Costa Rica e veio negociar em nome do governo. Mena) e uma estudante chamada Paz Ortega Andrade. Galwitz usa uma gravação de uma voz semelhante à de "The Boss" como isca para fazer Big Boss concordar em ajudá-lo a expulsar as tropas financiadas pela CIA estacionadas na Costa Rica.

Snake descobriu a localização da base inimiga e do "Santo Padroeiro" com Amanda e Chico da FSLN. Snake entrou sorrateiramente na base e conheceu um oficial da CIA chamado Coldman e o Dr. Huey, o desenvolvedor de armas bípedes. 

Huey disse a Snake que o PeaceWalker que ele desenvolveu é uma força móvel de ameaça nuclear controlada pela IA. Suas maiores características são mobilidade e julgamento completamente racional. Mas PeaceWalker ainda tem algumas partes inacabadas de IA. Sob a orientação da amiga de Pazzi, Cécile Cosina Caminades, Snake encontrou o desenvolvedor de IA Dr. Strangelove e "The Boss" — desenvolvido pelo Dr. Depois de uma luta feroz, a IA escapou novamente. Big Boss rastreou a IA até a fábrica do PeaceWalker e foi capturado. 

Mais tarde, ele escapou, mas descobriu que Peace Walker havia sido concluído, não conseguiu derrotar Peace Walker e permitiu que Kou Deman escapasse para o exterior com os reféns Pazi e Peace Walker.

Para evitar o lançamento de bombas nucleares, Big Boss foi à base militar dos EUA na Nicarágua e descobriu que esta era controlada pelas tropas soviéticas. Parado na frente dele, Coldman afirmou que iria inserir informações falsas no PeaceWalker, fazendo-o acreditar erroneamente que a União Soviética havia lançado uma bomba nuclear e depois lançaria um "contra-ataque" contra a União Soviética. Galvez apareceu de repente neste momento. Descobriu-se que seu nome verdadeiro era Vladimir Alexandrovich Zadornov e ele era um espião da KGB. Ele fingiu se render à CIA, usou tecnologia americana para desenvolver o PeaceWalker e depois a tomou para si. Galwitz ordenou que Pazzi atirasse em Coldman, mas Pazzi não estava disposto a fazê-lo. 

Galwitz feriu Coldman e planejou usar Coldman para inserir instruções para mudar o alvo para Cuba, fazendo o mundo pensar que os Estados Unidos estavam atacando ativamente os países comunistas e aproveitando a oportunidade para controlar a América Central. A FSLN e o Exército Sem Fronteiras chegaram a tempo e eliminaram o inimigo. Mas antes de morrer, Coldman capturado ativou o Peace Walker, enviou informações falsas ao quartel-general militar dos EUA para fazer os Estados Unidos acreditarem erroneamente que a União Soviética havia lançado uma bomba nuclear, e então perguntou ao Peace Walker, que era leal à missão, para lançar um contra-ataque. 

Big Boss derrotou PeaceWalker, mas não conseguiu interromper a transmissão de dados. Neste momento, a IA que simula The Boss tomou a decisão de cometer suicídio e controlou o PeaceWalker para ir ao mar para impedir a transmissão do sinal.