Snake, que retornou à base do Exército Sem Fronteiras, fez diversas missões para capturar o fugitivo Galwitz, e finalmente descobriu que se tratava de uma brecha criada por Pazzi para transformar o Metal Gear Zeke em um acionamento manual; em seguida Pazzi Driving MetalGear Zeke, ele queria destruir o Exército Sem Fronteiras, e revelou que ele era na verdade um espião enviado por "CIPHER", e seu nome e identidade foram todos forjados; ele então começou uma batalha com Snake, e finalmente Pazzi foi derrotado e caiu no mar, desaparecido. Depois disso, é a história de Metal Gear Solid 5

Zero usou a tecnologia de IA do Dr. Strangelove para desenvolver o sistema de IA "Patriot" e gradualmente penetrou e controlou a economia, a política, as forças armadas e outros campos do mundo. Big Boss voltou aos Estados Unidos, tornou-se diretor da Fox Hound e planejou secretamente Outer Heaven.

Em 1990, David se juntou à Fox Hound e mais tarde recebeu o título de SNAKE, mais tarde conhecido como Solid Snake, por suas excelentes habilidades de luta. (O status do título de cobra na organização perde apenas para o título de Fox, e a pessoa que recebe o título de Fox é Gray Fox)

Em 1995, a base sul-africana de Outer Heaven "criada" por Venom Snake foi destruída por Solid Snake, Venom Snake morreu no local e Big Boss fugiu para Zanzibar.

Em 1999, a ambição de BIG BOSS por um reino extraterrestre foi novamente destruída. Seu corpo foi recuperado pelos Estados Unidos e usado para pesquisas de tecnologia genética. Na verdade, os patriotas usaram nanorrobôs para selar suas consciências. Mais tarde, o cadáver vivo de BIG BOSS foi resgatado pela organização de resistência liderada por BIG MAMA e reparado com os corpos de LIQUID e SOLIDUS.

Em 2014, a destruição do sistema Patriot levou ao despertar do BIG BOSS, que posteriormente morreu do vírus FoxDie transportado pelo próprio SOLID.

Cobra Sólida

Um ano, Gray Fox adotou uma menina que perdeu parentes na guerra, que mais tarde se tornou Naomi Hunter.

Em 1990, Liquid Snake, que trabalhava para o SAS, realizou uma missão para destruir um lançador móvel de mísseis Scud no Iraque e mais tarde afirmou estar desaparecido durante a missão.

Em 1994, Liquid Snake voltou aos Estados Unidos.

Em 1995, a organização militar "Outer Heaven" estabelecida pelo grupo mercenário surgiu gradualmente.Os Estados Unidos receberam informações de que "Outer Heaven" estava produzindo uma arma que poderia mudar a situação da guerra mundial. O agente da Fox Hound, Gray Fox (Grey Fox), encarregado da missão de infiltração, perdeu contato durante a missão exploratória. Sob o comando de Big Boss, o membro da Fox Hound, Solid Snake (Solid Snake), foi responsável por continuar a perseguir o incidente. Uma arma de codinome Metal Gear TX-55 (Metal Gear TX-55) foi descoberto na base e descobriu-se que o cérebro por trás dele era Venom Snake (o protagonista de The Phantom Pain, o falso BIG BOSS). Depois que o verdadeiro BIG BOSS o deixou o fita, ele e Solid Snake perderam contato, esta cena corresponde ao verdadeiro final de The Phantom Pain), e finalmente ele derrotou Venom Snake, explodiu o Metal Gear TX-55 e escapou de "Outer Heaven".

Em 1997, uma rebelião militar eclodiu no Médio Oriente e Zanzibar (Ilha de Zanzibar) foi estabelecida.

Em 1999, o Dr. Kio Marv inventou o microrganismo "OILIX" para refinar óleo natural altamente puro, mas foi sequestrado por Zanzibar. Solid Snake entrou sorrateiramente em Zanzibar sob o comando do comandante do Fox Hound, Roy Campbell, apenas para descobrir que o líder de Zanzibar era o desaparecido Gray Fox. No final, ele derrotou Gray Fox, o robô Metal Gear D (Metal Gear D) e Big Boss, que se pensava ter sido derrotado no incidente anterior. Após a missão, Solid Snake se aposentou e morou no Alasca. Big Boss virou vegetal e foi “mantido” por Zero. (Antes do lançamento de Metal Gear Solid 4, Big Boss foi dado como morto e seu corpo foi preservado). Gray Fox foi resgatado e seu corpo foi transformado em um ninja mecânico.

Em 2000, Liquid Snake juntou-se à Fox Hound e tornou-se o líder da equipe de combate terrestre. Naomi Hunter juntou-se à equipe médica de Fox Hound e iniciou pesquisas teóricas e experimentos com DNA em soldados.

Em 2003, o Dr. Clark (Para-Medic, líder da equipe médica da FOX-HOUND) morreu em uma explosão de laboratório causada por Gray Fox que queria escapar. Naomi Hunter encobre a verdade e assume o trabalho do Dr. Clark.

No final de fevereiro de 2005, o Metal Gear usado para exercícios em Shadow Moses foi levado pelos membros rebeldes do Fox Hound para chantagear o governo dos EUA. Solid Snake é chamado de volta para uma missão novamente. Snake entrou sorrateiramente na base e conheceu o diretor da DARPA, Donald Jonathan (também conhecido como Sigint), que foi preso como refém. Este estava disfarçado como um polvo isca. O verdadeiro foi torturado e morto por Revolver Lynx e colocado na cela que Solid Snake entraria mais tarde.) e o presidente da Armstech, Kenneth Baker, Solid Snake soube pela primeira vez da existência do Metal Gear REX, mas depois que Solid Snake conversou com eles, todos morreram de suspeita de ataque cardíaco (na verdade causado pelo vírus FOXDIE no corpo de Solid Snake). ).

 Além disso, Solid Snake também conheceu a sobrinha (na verdade filha) de Otacon e Campbell, Meryl. Ele descobriu que o último modelo do Metal Gear, REX, foi desenvolvido secretamente pelos militares. Como mentor da rebelião, Liquid Snake planeja usar o Metal Gear para ameaçar o governo a entregar um resgate e Big Boss para pesquisar uma solução para a falha em seu próprio DNA. Snake conheceu Gray Fox, que havia se tornado um ninja modificado no caminho, e Meryl foi capturada pelo inimigo durante a batalha. Snake foi posteriormente capturado e resgatado por Gray Fox. Snake entrou sorrateiramente na base subterrânea, Gray Fox se sacrificou para ajudar Snake a derrotar REX, e Liquid também foi derrotado por Snake (há dois finais aqui, resgatando Otacon ou resgatando Meryl). Liquid morreu na perseguição final de Fox-die, e seu braço foi posteriormente transplantado para o braço decepado de Ocelot (Ocelot, filho de THE BOSS). E Fox Hound foi dispensado.