Resumo do enredo

Era do Big Boss

Em 1935, Jack nasceu.

Para fazer face à situação durante a Guerra Fria, a CIA criou uma unidade de combate que utilizou métodos de infiltração independentes para completar tarefas especiais.Esta unidade foi denominada FOX Team. Aparentemente como um teste de campo para a unidade, a FOX participou da Operação Castidade.

A Operação Castidade começou em 24 de agosto de 1964. Jack mudou seu nome para Naked Snake e, como membro da equipe FOX, entrou sorrateiramente em Tselinoyarsk para resgatar Sokolov sob o comando do Major Tom. Sokolov era um cientista soviético que desenvolveu uma arma secreta chamada Shagohod, mas tinha medo do seu poder e planejou desertar para os Estados Unidos. Snake conheceu Ocelot durante a operação. Snake resgatou Sokolov, mas durante a retirada, Sokolov foi arrebatado por The Boss. Snake foi derrotado e empurrado do penhasco. Os membros da unidade Cobra se reuniram e o Shagohod, desenvolvido como um lançador de mísseis móvel, foi transportado pelo Coronel Volgin em um helicóptero, mas Volgin o lançou com um lançador de bomba nuclear sem recuo enviado por The Boss. Uma bomba nuclear fabricada nos EUA foi lançada e a situação ficou sério.

Em 30 de agosto de 1964, a Operação Snake Eater começou, e o codinome do Coronel Tom foi alterado para Zero. Snake mais uma vez entrou sorrateiramente em Tselinoyarsk, com a missão de resgatar Sokolov, destruir Shagohod e eliminar a Equipe Cobra, o Coronel Volgin e The Boss. Snake conheceu Eva, uma espiã enviada pela China, e Granin, o inventor do Metal Gear que apareceu mais tarde. Snake descobriu a existência do "Legado dos Sábios" através do incidente, e Volgin queria conseguir o dinheiro. Depois de algumas reviravoltas, Snake derrotou o Time Cobra, eliminou Shagohod e Volgin e matou seu mentor, The Boss, na batalha final. Após a missão, Ava o deixou, e a carta que ela deixou para trás dizia a ele que todo o incidente foi na verdade manipulado pelos "sábios" nos bastidores. O Chefe foi apenas um acidente durante a missão, e os Estados Unidos e a União Soviética negociou e decidiu sacrificá-la para provar que os Estados Unidos estavam limpos. Snake recebeu o título de "Big Boss" pelo governo, mas decidiu se aposentar e deixar a equipe FOX.

Sokolov foi resgatado por Gene da equipe Fox e trazido de volta aos Estados Unidos, levando consigo o design do robô Metal Gear de Granin. Gene recebeu parte do "legado dos sábios". 

Depois que a CIA obteve os projetos do Metal Gear, ordenou que Sokolov desenvolvesse uma nova arma e a nomeou Metal Gear. Na década de 1970, a competição armamentista da Guerra Fria entre a União Soviética e os Estados Unidos levou a um aumento significativo nos gastos militares de ambos os lados.Os dois lados assinaram um acordo de paz e começaram a reduzir os seus armamentos. A CIA temia que o enfraquecimento da força militar da União Soviética após o desarmamento acelerasse o fim da Guerra Fria e levasse a um declínio no seu próprio estatuto, por isso planeou dar Metal Gear à União Soviética para manter o equilíbrio militar. Por outro lado, o Pentágono estava insatisfeito com a posição consolidada da CIA e com alguns pequenos movimentos estratégicos, e queria enfraquecer a CIA, pelo que planeou causar problemas.

Em 2 de novembro de 1970, Big Boss foi capturado pela equipe renegada da FOX e preso na Península de San Hieronymo (na verdade, um plano do Pentágono), onde conheceu Roy Campbell. Soube-se que a equipe FOX foi designada para realizar a missão, mas eles se rebelaram e obtiveram a arma secreta do governo, Metal Gear. Seu líder, Gene, é produto do chamado programa “sucessor”, que visa treinar os sucessores de The Boss para liderar soldados. Big Boss capturou soldados americanos e soviéticos e formou seu próprio exército. Durante a operação conheci Elisa, NULL (mais tarde Gray Fox) e outros. 

Elisa foi vítima da explosão da bomba nuclear durante a Operação Castidade, por isso ela odiava muito as bombas nucleares, mas ao mesmo tempo tinha dupla personalidade e tinha a capacidade de prever o futuro. A outra personalidade de Elisa levou o Metal Gear RAXA a atacar Big Boss, mas foi destruído por Big Boss. 

Gene disse que era apenas um produto de teste, fazendo com que os soldados se automutilassem e fugissem. Big Boss entrou furtivamente no silo de mísseis e soube pelo inimigo que o incidente foi planejado pela CIA e pelos "sábios" por trás deles. Na sala de controle final, quando Gene estava prestes a ativar o Metal Gear (ICBMG), ele foi parado por Elisa, que antes era considerada morta. Gene a matou e então usou o botão reserva para ativar o Metal Gear. No final, Big Boss derrotou Gene, e Gene deu a Big Boss o filme usado para construir a propriedade "Army Heaven", acreditando que ele o usaria no futuro (mais tarde usado para construir Outer Heaven). Porém, o ICBMG não pode ser parado. Big Boss e os soldados atacam o foguete, fazendo com que o foguete funcione mal e se desvie do curso. O ICBMG é destruído na atmosfera. Big Boss voltou para a China e Zero também dissolveu a Fox.